当初你以公司名义收取保证金并出具借条，现在退还保证金时，对方愿意出具收条，但不愿退还借条。这借条与收条二者道理是一样的。你退还保证金是你的义务，但因收取该保证金产生的其他法律义务你仍然要继续承担，对方退还你借条等于丧失了向你公司主张权利的相应的证据。因此，收不回借条，对你来说你不仅要保留对方的收条，还要面临承担其他违约责任。但无论如何，你退还了收取的保证金并取得对方的收条，证明你收取的保证金已经返还，对方不能再就保证金向你提出返还要求。