（1）产生的方式不一样。先诉抗辩权是一个天然的抗辩权，而诉讼时效期间经过后的效果是义务人抗辩权。
（2）适用场合不一样。先诉抗辩权只适用于有先后履行顺序的双务合同中。诉讼时效，在我国适用于债权请求权和继承请求权。
（3）先诉抗辩权是一时性的，先履行者只要履行了其义务，那后履行者则不能再依此进行抗辩。而诉讼时效是永久性的，一旦诉讼时效经过，那就丧失了胜诉权。
（4）适用时间不一样。先诉抗辩权中是合同履行中，而诉讼时效抗辩则要在时效经过后才能适用。