医疗事故争议一般都涉及患者身体受到伤害的情况，因而诉讼时效应适用特殊诉讼时效的规定，即为一年，从权利人知道或应当知道权利被侵害时起算。应当知道是指按照正常情况能够推定权利人已经知道，而不管权利人是否真正知道。
另外，根据法律的规定，还存在着诉讼实习中断的情况。所谓诉讼时效中断，是指在诉讼时效进行中，因为某种法定事由的发生使原来已经经过的时效期间统归无效。待中断时效的事由消失之后，诉讼时效重新计算。