疫情小区封闭是否合法应视具体情况而定。如果有确切证据证明某小区存在较多感染患者，如不封锁管理则可能造成传染病的扩散，按照《传染病防治法》第42条规定，行政机关有权作出该小区封闭管理的决定。此时行政机关做出小区封闭管理决定并不构成对公民行动自由权的侵害。相反，如果没有证据证明某小区存在病毒感染患者，那么此时行政机关无权决定该小区进行封闭管理。此时行政机关做出小区封闭管理的决定，是对公民行动自由的侵犯，因为其决定并无法律依据。