医疗纠纷投诉可以按照以下流程进行处理：
１、卫生行政部门可以在接到医患双方对于医疗纠纷的投诉后，在双方当事人均同意的情况下组织双方当事人进行协商；
２、当双方当事人不能协商一致或者一方当事人不同意协商的，可以让他们到医疗纠纷发生所在地的基层人民法院进行民事诉讼；
３、依据《医疗事故处理条例》第四十六条：发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。