1、超过借款合同诉讼时效的，法院将不再提供强制保护。只能由出借人自行向借款人主张权利，要求归还。
2、借款合同超过诉讼时效的，不影响出借人向法院提起诉讼，如借款人没有提出超过诉讼时效的问题，法院不审查诉讼时效问题；如果借款人提出超过诉讼时效的，法院应当进行审查，并裁定驳回出借人的诉讼请求。
《民法总则》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
《最高法院关于诉讼时效的规定》第三条当事人未提出诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判。