合同违约金处罚的做帐方式是按照正常程序做账即可，违约金是合同经济方式的一种，也是对违约的一种经济制裁。违约金的设立，是为了保证债的履行，即使对方没有遭受任何财产损失，也要按法律或合同的规定给付违约金。

根据《合同法》第一百一十四条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。