收取合同违约金时，应区分不同的情况，在开具发票时区别对待：
1，一般地，销售货物或提供增值税应税劳务而收取的违约金，应开具增值税专用发票，并计入销售收入；
2，提供服务性业务而收取的违约金，应开具服务业发票，并计入营业收入；
3，因资金往来而收取的违约金，应开具服务业发票，按金融保险业计征营业税。
这里要注意，如销售货物的所有权没有发生转移，或者未提供增值税、营业税应税劳务而收取的违约金，则不需要开具发票。