中小股东可以通过以下措施和制度保护自己的权利：
1、可以查阅公司会计账簿。有限责任公司的股东可以要求查阅公司会计账簿。公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司利益的，可以拒绝提供查阅。公司拒绝提供查阅的，股东可以请求人民法院要求公司提供查阅。
2、可以申请人民法院确认股东会、董事会决议无效，或申请撤销股东会、董事会决议。
根据相关法律规定，当股东会、董事会决议的内容违反法律、行政法规时，该决议无效。当股东会、董事会的召集程序、表决方式违反法律、行政法规规定或者公司章程，或者决议内容违反公司章程时，股东可以自作出决议之日起60日内请求人民法院予以撤销。
3、可以要求退股。
公司连续5年盈利，并符合公司法规定的分配利润条件，但不向股东分配利润的，对股东大会该项决议投反对票的股东可以要求公司以合理价格收购其股权。股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以向人民法院提起诉讼。
4、特殊情况下，股东可以申请法院解散公司。
目前有的公司经营严重困难，财务状况恶化，虽未达到破产界限，但继续维持会使股东利益受到更大损失；而因股东之间分歧严重，股东会、董事会又不能做出公司解散清算的决议，处于僵局状态。此时符合一定条件的股东可以申请法院解散公司，进行清算。
那么在公司为有限责任公司时，股东可行使哪些权利？
1、依法行使知情权
中小股东要想维护自己的合法权益，首先应当对公司的情况有充分的了解。
2、依法行使召集和主持股东会会议的权利
中小股东可以单独或者联合行使召集和主持股东会会议的权利，以维护自己的合法权益。
3、依法转让股权的权利
根据相关法律规定，股东依法享有转让自己所持股权的权利，依法行使转让权也是股东保护自己合法权益的一种方式。当中小股东与公司发生利益冲突时、或者认为公司前途不好时，自己不愿意再作该公司股东时，就可以通过转让自己所持股份的方式来结束与该公司的关系，并以此方式实现自己的财产权。
4、行使优先购买权
这是包括中小股东在内的所有股东享有的一项权利。中小股东应当充分利用这一规定来行使自己的这一权利。
5、依法请求公司按照合理的价格收购其股权的权利
这其实是一种保底性的权利，对不能控制公司命运的中小股东来说是非常重要的。
6、以自己的名义维护公司和自己合法权益的权利
以上就是律师为大家解答的关于“小股东如何保护自己的合法权益”的相关法律知识了，希望以上回答对您有所帮助。
《中华人民共和国公司法》第三十四条，股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。
第四十条，有限责任公司设立董事会的，股东会会议由董事会召集，董事长主持；董事长不能履行职务或者不履行职务的，由副董事长主持；副董事长不能履行职务或者不履行职务的，由半数以上董事共同推举一名董事主持。
有限责任公司不设董事会的，股东会会议由执行董事召集和主持。
董事会或者执行董事不能履行或者不履行召集股东会会议职责的，由监事会或者不设监事会的公司的监事召集和主持；监事会或者监事不召集和主持的，代表十分之一以上表决权的股东可以自行召集和主持。
第七十二条，人民法院依照法律规定的强制执行程序转让股东的股权时，应当通知公司及全体股东，其他股东在同等条件下有优先购买权。其他股东自人民法院通知之日起满二十日不行使优先购买权的，视为放弃优先购买权。