包工头拖欠农民工工资的，农民工首先可以和包工头协商或向有关组织申请调解，
若当事人不愿协商调解或协商调解不成的，依据我国劳动争议调解仲裁法的规定，农民工可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁维护自己的合法利益。
若对仲裁机构的裁决不服的，可以在法律规定的时间内向人民法院起诉。
包工头拖欠农民工工资现象根本的原因
包工头未与务工人员签订合同，相当一部分都只是口头约定，很多人没有签订劳动合同或相关协议的观念或习惯。他们相当一部分人感觉自己和在家农田里劳动区别不大，而不是城里那些正式工人。而且很多人都是跟家乡的包工头一起出来，大家都认识，经亲戚朋友介绍在一处打工，因为包工头和他们都是老乡或其他的亲戚关系，大家感觉都比较熟，没有必要做得那么复杂，可结果往往就是在这样的薄弱环节上出问题。他们向老板要工钱时除了一纸欠条，再也拿不出其他的法律依据，工钱发与不发，只能凭老板的心情了。
包工头不是没有钱，而是为了自身利益的最大化，故意、恶意拖欠或克扣务工人员工资。这种势头在近几年有所收敛，主要归功于社会各界的压力和一些强硬措施的出台。但现在这种现象在个别地区、个别人身上仍然存在，而且人数不在少数，一些包工头为了确保下一年的工程能顺利开工，就在工薪上打主意，比如和务工人员达成一些虚假的协议，而其结果是工程结束，包工头卷钱开车，远走高飞，务工人员吃亏受骗。还有一种情况，一些包工头为达到其目的，低价承包后，以农民工工资为筹码，利用各部门维稳及现行法律法规的漏洞，采取让人很难接受的手段来提高单价、索要款项等。
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《工资支付暂行规定》第十八条 各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的;
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。