夫妻户口不在一起的是可以建档的，夫妻双方因为生育问题需要建档的，可以凭借双方的身份证到双方现居住的相关医院进行建档。根据我国对于户口建档的相关法律规定可以知道，婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。

那么夫妻建档需要带什么证件？
建档要带以下证件： 1、首先是结婚证，医生会根据这个信息录入； 2、其次是户口本，医生会根据户口本的信息来进行登记。
综上所述，夫妻户口不在一起不影响建档，带上相关证件去当地医疗部门即可完成，您清楚了吗？