一、经济适用房可以通过夫妻协议的方式予以分割，也可以通过向法院起诉的方式予以分割。如果夫妻选择起诉分割的，经济适用房属于夫妻共同财产的，按照离婚房产分割的原则，参照照顾女方、照顾抚养子女一方、照顾无过错方的原则确定经济适用房归谁。此时，应当对未取得经济适用房的另一方予以经济补偿。如果是夫妻个人财产的，则离婚时经济适用房归个人所有。如果夫妻选择协议分割的，夫妻协议经济适用房归谁的，按照协议的约定。
二、《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国婚姻法〉若干问题的解释
（二）》第二十条的规定进行处理：双方对夫妻共同财产中的房屋价值及归属无法达成协议时，人民法院按以下情形分别处理：
（一）双方均主张房屋所有权并且同意竞价取得的，应当准许；
（二）一方主张房屋所有权的，由评估机构按市场价格对房屋作出评估，取得房屋所有权的一方应当给予另一方相应的补偿；
（三）双方均不主张房屋所有权的，根据当事人的申请拍卖房屋，就所得价款进行分割。