夫妻分居离婚程序有两种：协议离婚程序和诉讼离婚程序。
１、协议离婚，即双方协商一致后到婚姻登记机关申请登记离婚。
《婚姻法》第三十一条规定：“男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。”夫妻分居后的协议离婚的，签订离婚协议书，去婚姻登记机关申请离婚即可。
２、诉讼离婚，协商不成的，可以申请诉讼离婚。
夫妻分居后诉讼离婚的程序包括三个阶段：第一个阶段：起诉；第二个阶段：审理；第三个阶段：判决。原告提交的证据能够充分证明夫妻双方因感情不和已分居满二年的，调解无效的，法院会依法判决准予离婚。判决后，一审离婚诉讼程序结束。如果当事人对判决不服，可向上一级人民法院提起上诉，进行二审诉讼程序。离婚案件二审诉讼程序包括：提起上诉、二审法院开庭审理、法院判决。