如果男方患有乙肝的话，正常情况下，法院会将孩子的抚养权判给母亲。因为乙肝在一定程度上具有传染性，这并不利于孩子的健康成长。
《关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》规定：人民法院审理离婚案件，对子女抚养问题；
应当从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。