夫妻户口不在一起是可以起诉离婚的。
起诉离婚，到被告住所地的基层人民法院起诉即可，被告住所地与经常居住地不一致的，也可以到经常居住地起诉。
法律依据：
1.《民事诉讼法》第十七条规定，基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外。
2.《民事诉讼法》第二十一条规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。 对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。