公安机关交通管理部门扣留的车辆应当妥善保管。
根据《道路交通事故处理程序规定》第五十八条的规定，自检验报告、鉴定意见确定之日起五日内，公安机关交通管理部门应当通知当事人领取扣留的事故车辆。
因扣留车辆发生的费用由作出决定的公安机关交通管理部门承担，但公安机关交通管理部门通知当事人领取，当事人逾期未领取产生的停车费用由当事人自行承担。
经通知当事人三十日后不领取的车辆，经公告三个月仍不领取的，对扣留的车辆依法处理。