首先，两者涉嫌的罪名不同：猥亵儿童涉嫌的是猥亵儿童罪；与不满十四周岁的幼女发生性关系的，则不管女方是否自愿，均构成强奸罪。
再者承担的刑事责任不同：构成猥亵儿童的，应根据《刑法》第二百三十七条规定予以从重处罚，一般或处五年以下有期徒刑，如果聚众或者在公共场所当众犯前款罪的，或者有其他恶劣情节的，处五年以上有期徒刑。而强奸幼女的，则应以强奸罪从重处罚。