犯本罪的，对首要分子，处五年以上十年以下有期徒刑；其他积极参加的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
本罪只追究聚众冲击军事禁区的首要分子和积极参加者的刑事责任，而不追究一般参与者。“首要分子”，是指在聚众冲击军事禁区犯罪活动中，起组织、策划、指挥作用的犯罪分子；“积极参加的”，是指主动参加冲击军事禁区犯罪活动的，在实施犯罪申起了重要作用或者有其他犯罪行为的等。
对聚众冲击军事禁区的首要分子，在判处主刑的同时，一般也应附加剥夺政治权利。