违法运用资金犯罪的立案标准如下：
社会保障基金管理机构、住房公积金管理机构等公众资金管理机构，以及保险公司、保险资产管理公司、证券投资基金管理公司，违反国家规定运用资金，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉:
(一)违反国家规定运用资金数额在三十万元以上的;
(二)虽未达到上述数额标准，但多次违反国家规定运用资金的;
(三)其他情节严重的情形。