单位犯罪适用的处罚依据是两罚制，在两罚制中，对单位是判处罚金，判处罚金采取无限额罚金制，即对罚金的数额未作规定，对直接负责的主管人员和直接责任人员是判处刑罚，这里的刑罚包括自由刑与罚金，主要是自由刑根据《刑法》第三十条，公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。