法律规定员工自动离职单位也无权扣除工资。但是如果因员工擅自离职而给单位造成经济损失则应由离职者承担相应责任。
1、《工资支付暂行规定》第九条规定，用人单位均应在解除合同之时一次性结清工资。
2、《劳动合同法》第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。拓展资料办理离职的程序：1、为从事有职业病危害作业的员工做健康检查。2、办理工作交接。离职员工除工作交接外，应立即停止以用人单位的名义对外从事一切业务。将该员工经手的工作交接到其他人员或主管。工作交接有助于防止员工仓促离职，出现工作脱节，减少不必要的经济损失。
3、公司财物、文件资料及清偿债务。
4、退还员工证件及结清工资。
5、如是公司提出解除劳动合同的，按照劳动合同法的规定向员工支付经济补偿金。
6、签订竞业禁止协议。对于公司认为需要签订竞业禁止协议的则在解除劳动合同协议中明确员工的相应义务。
7、出具解除或者终止劳动合同的证明。
8、办理档案和社会保险关系转移手续。《劳动合同法》规定公司在劳动合同解除后15日内为员工办理档案和社会保险关系转