工资应该给的，不给可以向劳动监察大队投诉，也可以申请劳动仲裁，申请劳动仲裁的时效为1年，注意不要过了仲裁时效。如果给单位造成损失，可能单位相应扣除赔偿。与单位沟通下吧，要求发放工资，能全部拿到就更好了。建议你还是好好和厂里说下让你正常离职吧，你自动离职属于过错方，就算你去申请仲裁，也并不见得有多好。如果想要工资就不要自离。一个工厂不可能不让人辞职的，如果他非法限制你的话，那你可以告他，他就没办法
相关法律法规参考:《中华人民共和国劳动合同法》
第三十七条劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第九十条劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。