婚姻关系不会自动解除。因感情不和分居满两年只是准许离婚的一个条件，只要能够证明因感情不和分居满两年的，法院就应当判决离婚。离婚只有两个途径：
一、登记离婚：如果双方都同意离婚，并且对夫妻共同财产的分割及子女抚养问题达成一致意见的，可以由婚姻登记机关发给离婚证。
二、如果双方在离婚、夫妻共同财产分割、子女抚养三个问题中有一个问题不能达成一致意见的，则需由法院判决能否离婚。