债务人消失的处理办法：一是债权人可直接向人民法院起诉追讨借款。二是由债权人向法院申请宣告债务人为失踪人，然后由代管人从失踪人的财产中支付债款。《民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。