车位使用权转让协议有效。
《物权法》规定：“建筑区划内，规划用于停放汽车的车位、车库的归属，由当事人通过出售、附赠或者出租等方式约定。”
《物权法》承认了小区车位可以作为独立交易的客体。由于停车位属于规划审批的停车位，开发商有权通过协议出售、出租。因此，甲乙之间签订的《车位使用协议》合法有效。