离婚农村自建房可以通过协商确定权属，协商不成的可以提起诉讼确定房屋所有权归属。

农村自建房尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋，所以具体归谁要协商或诉讼，当事人就房屋取得完全所有权后，有争议的，可以另行向人民法院提起诉讼。

离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。

【法律依据】

《婚姻法》第三十九条，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成时，由人民法院根据财产的具体情况，照顾子女和女方权益的原则判决。夫或妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。