个人所得税是在扣除员工五险一金扣款之后计算。还要扣除个人所得税专项附加扣除，指个人所得税法规定的子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等6项专项附加扣除。其他补贴也加入进行一起计算。员工的补贴也是算入员工本月收入的一部分，应该纳入收入一起计算个人所得税。

【法律依据】：《中华人民共和国个人所得税法》第二条，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

(一)工资、薪金所得；

(二)劳务报酬所得；

(三)稿酬所得；

(四)特许权使用费所得；

(五)经营所得；

(六)利息、股息、红利所得；

(七)财产租赁所得；

(八)财产转让所得；

(九)偶然所得。

居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。