分开三年不会自动离婚，且法律上也没有自动离婚一说，无论分居多久未办理离婚手续，两人都是夫妻关系。

【法律依据】《婚姻法》第三十一条：男女双方自愿离婚的，准予离婚。

双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。

第三十二条：男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。