持有日本房产每年需要缴纳的税费如下：

1、固定资产税（国税）：这是每年需要向日本政府支付的税金。每年1月1日所属的市区町村会寄送纳税通知书到持有房产者手里。

可以选择一次性付清全年费用也可选择一年四次分期付清。固定资产税评价额由政府部门每三年进行一次评定，是决定固定资产税的重要因素。

固定资产税的计算=土地评估价格X1.4%；房产评估价格X1.4%；比如，900万的日元的房子，土地评估价为200万日元，房子的评估价为250万日元。则固定资产税=200X1.4%+250X1.4%=6.3万日元；

2、都市计划税（地方税）：这也是向日本政府支付的税金，每年1月1日纳付；都市计划税的计算=土地评估价格X最高0.3%；房产评估价格X0.3%；

3、个人所得税：年租金：0.1--195万日元之间5%的所得税；195--330万日元之间10%所得税；330--695万日元之间20%所得税。

【法律依据】

《个人所得税法》第二条：下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。