强奸罪的认定就是违背妇女意志，应当围绕这个问题寻找证据，因为案情不一样，证据也不一样。

主要有下列几种：

（1）被害人身体内或内裤上残留的嫌疑人精液；

（2）被害人的现场遗留物；

（3）被害人陈述、被告人辩解和证人证言。

【法律依据】：《刑事诉讼法》第四十八条规定，可以用于证明案件事实的材料，都是证据。

证据包括：

（一）物证；

（二）书证；

（三）证人证言；

（四）被害人陈述；

（五）犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解；

（六）鉴定意见；

（七）勘验、检查、辨认、侦查实验等笔录；

（八）视听资料、电子数据。

证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。