债务两清协议书有法律效力。债务两清协议书有下列情形之一的，协议无效：

（一）一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；

（二）恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；

（三）以合法形式掩盖非法目的；

（四）损害社会公共利益；

（五）违反法律、行政法规的强制性规定。

【法律依据】：

《合同法》第五十二条规定有下列情形之一的，合同无效：

1、一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；

2、恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；

3、以合法形式掩盖非法目的；

4、损害社会公共利益；

5、违反法律、行政法规的强制性规定。