强奸证据不足情况下，公安机关会制作起诉意见书连同其他材料移送到检察机关，由检察机关决定起不起诉，而检察机关审查材料后，证据确实不足的，一般会作出不起诉的决定，如果被害人对不起诉决定不服的，可以在收到决定书七日内申请申诉。

如果告别人强奸是存在诬告陷害行为的，意图让被报案人承担刑事责任的，报案人的行为是违法犯罪的，情节严重的可以按诬告陷害罪追究刑事责任的。

告别人强奸如果证据不足的，检察机关一般是会作出不起诉决定的，而报案人对不起诉决定不服的可以申请申诉，但如果存在诬告陷害行为的，报案人要承担相应的法律责任。

【法律依据】

《刑法》第五十三条规定：对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚;没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。

证据确实、充分，应当符合以下条件：

(一)定罪量刑的事实都有证据证明;

(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实;

(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。