公司辞退员工扣员工工资不合法。劳动者按照正常的程序辞职的，用人单位是不能克扣劳动者工资的。员工可以向劳动监察大队投诉或者申请劳动仲裁进行维权。

依据《工资支付暂行条例》第九条规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。