非法占用农用地罪的立案标准如下：
1、非法占用基本农田五亩或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上的；
2、非法占用并毁坏防护林地、特种用途林地数量分别或合计达五亩以上的；
3、非法占用并毁坏其他林地数量达到十亩以上的。
【法律依据】
《刑法》第三百四十二条规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。