工程用地纠纷的处理：

一、当事人协商解决。发生工程用地纠纷后，当事人之间应本着协商一致、化解矛盾的原则，首先协商解决问题。

二、协商不成的，由人民政府处理。只有协商不成了，才由政府处理。政府处理时要注意：单位之间的争议，是由县级以上人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。

三、当事人对政府的处理决定不服的，可以向人民法院起诉。这是处理此类争议的最后法律救济渠道，也是法治社会的体现。人民政府处理土地权属争议是打官司的前置程序。

【法律依据】

依据《中华人民共和国城乡规划法》第三十七条、第三十八条规定，由城乡规划行政主管部门核发建设用地规划许可证，作为建设单位向土地主管部门申请征用、划拨和有偿使用土地的法律凭证。