公司合并后注销流程是：

1、注销公司国、地税登记证；

2、到公司主管工商局办理<公司注销备案>；

3、登报公告(登报45日后再去注销公司)；

4、登报45日后，再次到工商局办理注销申请；

5、到质监局注销代码证。

【法律依据】

《公司法》第一百八十八条，公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。