食品经营许可证网上申报流程如下：

1、登录相关系统，进入许可申报页面；

2、点击事项名称中的填写申请；

3、填写申报信息、上传申办材料；

4、打印申请表；

5、提交，企业用户对当前填写的信息确认无误后，可点击“提交”按钮，提交后，申请信息将上报至药监局。