土地承包经营权确权机关有：县级人民政府、县级农村土地承包管理部门、同级人民政府。
【法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》第十六条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决，协商不成的，由人民政府处理。
