农村土地承包合同纠纷的诉讼时效适用一般诉讼时效，也就是三年的诉讼时效，从权利人知道或者应当知道权利受到损害之日起计算。

《民法总则》第188条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。