公司债务发生纠纷可以通过协商、调解、仲裁、诉讼、申请支付令、先予执行等方式处理。

《民事诉讼法》第二百一十六条规定，人民法院受理申请后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起十五日内向债务人发出支付令；

申请不成立的，裁定予以驳回。 债务人应当自收到支付令之日起十五日内清偿债务，或者向人民法院提出书面异议。