一般来说分居期间，夫妻双方婚姻关系还未解除，因此所还贷款部分为夫妻共同债务，由夫妻共同偿还。

法律依据：《婚姻法司法解释二》第二十四条：债权人就婚姻关系存续期间夫妻一方以个人名义所负债务主张权利的，应当按夫妻共同债务处理。

但夫妻一方能够证明债权人与债务人明确约定为个人债务，或者能够证明属于婚姻法第十九条第三款规定情形的除外。