土地使用证单位总证的办理流程如下：

1、向国土资源部门提出申请，并提交以下材料：

（1）土地登记申请书；

（2）单位、法定代表人证明，个人身份证明或者户籍证明；

（3）土地权属来源证明材料(政府材料)；

（4）初始登记颁发的土地证书；

（5）地上附着物权属证明；

（6）建设用地批准书；

（7）批准用地缴税费发票或有关土地使用权出让金支付凭证。

2、进行地籍权属调查；

3、符合规定的在20个工作日内给予办理并报县人民政府审查批准；

4、由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权。