负责首次医疗事故鉴定的部门是设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会。

《医疗事故处理条例》第二十一条规定，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。

省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。