北京市土地使用费的计算方式：

1、有实际成交价的，且不低于所在级别基准地价平均标准的按成交价不低于40%的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照全部地价40%计算。

2、发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40%计算。

3、通过以上方式计算的土地出让金数额，土地使用权受让人有异议的，由受让人委托有资质的土地估价机构进行评估，按评估价的40%计算土地出让金。

4、划拨土地使用权成本价格占土地价格的最高比例不得高于60%，在以划拨土地使用权价格计算出让金时，必须将成本价格换算成市场土地价格，再按不低于40%的标准计算土地出让金。

【法律依据】

《土地管理法》第十五条，国有土地可以由单位或者个人承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。农民集体所有的土地，可以由本集体经济组织以外的单位或者个人承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。发包方和承包方应当订立承包合同，约定双方的权利和义务。土地承包经营的期限由承包合同约定。承包经营土地的单位和个人，有保护和按照承包合同约定的用途合理利用土地的义务。农民集体所有的土地由本集体经济组织以外的单位或者个人承包经营的，必须经村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。