居间合同补充协议与主合同的关系根据《合同法》第61条和第62条规定，补充协议是对主合同中没有约定或者约定不明确事项补充的首选方式；

即当事人对于主合同中的上述内容没有约定或者约定不明确的，法律首先赋予当事人协议补充。只有不能达成补充协议，才能按照主合同条款进行体系解释或者按照当事人之间的交易习惯进行补充。