医疗纠纷协议书只有配偶签字的是无效的，医疗纠纷协议书应该由其所有的近亲属(配偶、子女、父母)都签字。

《医疗事故处理条例》第四十六条规定，发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；

不愿协商或者协商不成的，当事人也可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人法院提起诉讼。