商标专用权质押登记办理流程如下：

1、登记申请。

自然人、法人或者其他组织以其注册商标专用权出质的，出质人与质权人应当订立书面合同，并向商标局办理质权登记。

申请商标专用权质押登记时，应当提交下列文件：

（一）按规定填写的《商标专用权质押登记申请书》（申请书式附后）；

（二）出质人及质权人企业营业执照复印件（须经发证机关确认盖章）；

（三）质押合同副本（外文本应当附中文译本1份，以中文译本为准）；

（四）质押商标《商标注册证》复印件；

（五）委托代理人办理登记的，应当提交被代理人（申请人共同）的委托书；

（六）其他应当提交的材料。

2、受理。

3、登记。

登记机关应当于受理登记申请之日起5个工作日内，作出是否予以登记的决定。符合登记条件的，国家工商行政管理局商标局予以登记，发给《商标专用权质押登记证》；不符合有关规定的，不予登记。

有下列情形之一的，登记机关不予登记：

（一）出质人不是商标专用权合法所有人的；

（二）商标专用权归属不明确的；

（三）其它不符合法律法规规定的。