知识产权纠纷处理方式有：

1.双方当事人在知识产权纠纷发生后自行进行协商；

2.经双方当事人申请，由人民法院、仲裁机构或调解人从中协调；

3.当事人或者不特定第三人请求知识产权行政管理机关处理其知识产权纠纷；

4.将纠纷提交仲裁机构审理，由仲裁机构做出对争议双方均有约束力的裁决的解决纠纷的制度；

5.向法院进行起诉处理。

常见的纠纷有：归属权纠纷、侵权纠纷、合同纠纷、行政纠纷。

【法律依据】

根据《著作权法》第七条，国务院著作权行政管理部门主管全国的著作权管理工作；各省、自治区、直辖市人民政府的著作权行政管理部门主管本行政区域的著作权管理工作。