农村土地承包合同的纠纷：

1、政策的变化引起的纠纷。

2、历史与现状的冲突引起的纠纷。

3、基层组织管理混乱引起的纠纷。

4、基层政府利用职权强行干预引发的纠纷。

【法律依据】

《土地承包法实施细则》第六十条，在农村集体经济组织内部，承包方间就土地承包经营权流转发生纠纷，依照合同约定，双方当事人可通过协商解决。