合同付款方式发生变更，双方应出具一份订立补充协议，经双方签订盖章后是具体法律效力。
【法律依据】
根据《合同法》第六十一条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。